Este museo ha sido completamente renovado y se encuentra a la vanguardia de las propuestas museísticas actuales, ofreciendo dos muestras temáticas: “Paysandú desde la modernidad” y "Los Tiempos de Paysandú".
La primera de ellas, ubicada en el ala Sur del Museo ofrece un recorrido por la historia de la comunidad de Paysandú, desde sus  costumbres y su pensamiento en un período que abarca 50 años, desde 1860 a 1910, época signada por cambios de orden económico, político, social y cultural.
A través de una variedad muy rica de objetos y documentos el museo nos aproxima a la vida cotidiana de aquellos tiempos, explicando cómo se fueron adaptando a aquellos cambios de la modernidad, tanto hombres como mujeres y niños.
La muestra "Los Tiempos de Paysandú" presenta un recorrido por algunos de los períodos más importantes de la historia sanducera, tales como la etapa de las Misiones Jesuíticas, Artigas en Purificación, crónicas de viajeros europeos que escribieron sobre Paysandú entre los años 1830 y 1840 y, finalmente, la Tercera Defensa de Paysandú. Incluye una maqueta con dispositivos electrónicos sobre la ciudad duarante la Defensa de Paysandú y proyección audiovisual.
El Museo Histórico cuenta también con una sala de conferencias, destinada a proyecciones y muestras audiovisuales; y un archivo histórico, que conserva gran parte del acervo histórico documental del departamento.

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